סדר עבודת יום הכיפורים מופיע בתורה שבכתב בצורה מפורטת מאוד (ויקרא טז), המאפשרת לנו לעקוב אחרי תהליך העבודה ומטרתה שלב אחר שלב. עבודת כהן גדול ביום הכיפורים המתוארת במסכת יומא נצמדת בצורה כמעט מלאה לסדר העבודה המתואר במקרא, ועד כדי כך הדברים אמורים, שכאשר המשנה חורגת מסדר האירועים של המקרא, למשל בשאלה מתי מוציאים את כלי הקטורת מקודש הקדשים, קובעים האמוראים "שכל הפרשה כולה נאמרה על הסדר, חוץ מפסוק זה" (יומא עא ע"א). על אף היצמדות רבה זו, דומני שיש חידוש משמעותי מאוד בפרשנות חז"ל לתורה שבכתב, חידוש שמשנה במידת מה את אופיה של עבודת היום.
התורה שבכתב מציבה שתי מטרות לעבודת היום: האחת – כפרת המקדש וקדשיו מן הטומאות והפשעים של הכוהנים ושל בני ישראל, והאחרת – כפרה על האנשים עצמם. הנחת היסוד של ראיה כפולה זו, שאפשר לראות עקבותיה גם במקומות אחרים במקרא, היא שכאשר אדם חוטא מעשה החטא משאיר את חותמו הן באדם עצמו והן על היכולת של המקדש לשמש כמקום מפגש עם הקב"ה. על כן כאשר האדם מכפר על חטאו עליו לתקן גם את עצמו וגם את המקדש.
טיהור המקדש וכפרתו הם רוב עבודת היום ויש בהם שלבים שונים: הכהן הגדול נכנס לקודש הקודשים ומזה מדם החטאות על הכפורת: "וְכִפֶּר עַל הַקֹּדֶשׁ מִטֻּמְאֹת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל וּמִפִּשְׁעֵיהֶם לְכָל חַטֹּאתָם" (טו). בהמשך הוא יוצא אל הקודש ושוב ומזה מדם הקורבנות: "וְכֵן יַעֲשֶׂה לְאֹהֶל מוֹעֵד הַשֹּׁכֵן אִתָּם בְּתוֹךְ טֻמְאֹתָם" (טז). לאחר מכן הוא מזה בשלישית על מזבח הזהב כדי לטהרו "וְיָצָא אֶל הַמִּזְבֵּחַ אֲשֶׁר לִפְנֵי ה' וְכִפֶּר עָלָיו ... וְטִהֲרוֹ וְקִדְּשׁוֹ מִטֻּמְאֹת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל" (יח–יט).
צריך לשים לב שתהליך משולש זה נעשה הן בפר החטאת שהכהן עצמו מביא, והן בשעיר החטאת שהכהן מקריב עבור העם. דומה שהמקרא מחלק בין שתי בעיות שונות הפוגעות בטהרת הקודש – הראשונה מוזכרת במפורש: "ִטֻּמְאֹת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל וּמִפִּשְׁעֵיהֶם לְכָל חַטֹּאתָם", והשנייה רק נרמזת: הכפרה על החטאים שהכוהנים עשו, שפגעו בקדושת הקודש. הבדלת הכוהנים מהעם נאמרת במפורש בפסוק המסכם של הפרשיה: "וְעַל הַכֹּהֲנִים וְעַל כָּל עַם הַקָּהָל יְכַפֵּר", ונראה שתפיסה זו רואה הבדל בין החטאים של העם לחטאים של המשרתים בקודש, שהשפעתם על הקודש רבה יותר (כדוגמת בני עלי).
המוקד השני המהווה את הכפרה על עוונות ישראל ממוקד בשעיר המשתלח, ומתואר אחר הכפרה על המשכן:
וְכִלָּה מִכַּפֵּר אֶת הַקֹּדֶשׁ וְאֶת אֹהֶל מוֹעֵד וְאֶת הַמִּזְבֵּחַ וְהִקְרִיב אֶת הַשָּׂעִיר הֶחָי. וְסָמַךְ אַהֲרֹן אֶת שְׁתֵּי ידו יָדָיו עַל רֹאשׁ הַשָּׂעִיר הַחַי וְהִתְוַדָּה עָלָיו אֶת כָּל עֲוֹנֹת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל וְאֶת כָּל פִּשְׁעֵיהֶם לְכָל חַטֹּאתָם וְנָתַן אֹתָם עַל רֹאשׁ הַשָּׂעִיר וְשִׁלַּח בְּיַד אִישׁ עִתִּי הַמִּדְבָּרָה. וְנָשָׂא הַשָּׂעִיר עָלָיו אֶת כָּל עֲוֹנֹתָם אֶל אֶרֶץ גְּזֵרָה וְשִׁלַּח אֶת הַשָּׂעִיר בַּמִּדְבָּר (כ–כב).
חלוקה זו מבארת היטב את המערכת המורכבת של הקורבנות המוקרבים ביום הכיפורים. מצד אחד ישנם קורבנות המוקרבים במשכן עצמו ומטרתם לכפר על הקודש: קורבן אחד עבור הכוהנים, וקורבן אחד עם ישראל. קורבנות אלו ניתנים עבור המתכפרים, אך אינם ממוקדים באנשים המתכפרים אלא במערכת המשכן עצמו על כל מרכיביו. לעומת זאת יש שעיר אחר, שנשלח לעזאזל ומטרתו לשאת עימו את כל עוונות בני ישראל. שעיר זה אינו ממוקד כלל בקודש, וכל מטרתו היא רק כפרת עם ישראל.
מעבר לשאלות האם המוקד הוא העם או המשכן, והאם הקורבן מוקרב במשכן עצמו או נשלח לעזאזל, יש הבדל נוסף שהמקרא מדגיש. לפני שליחת השעיר הכהן מתוודה עליו את כל עוונות בני ישראל: "וְהִתְוַדָּה עָלָיו אֶת כָּל עֲוֹנֹת בְּנֵי יִשְׂרָאֵל וְאֶת כָּל פִּשְׁעֵיהֶם לְכָל חַטֹּאתָם" (כא), אך אין במקרא וידוי מקביל על פר החטאת של הכהן הגדול ועל שעיר החטאת המוקרב בתוך המשכן. לכאורה נראה שעצם הקרבת החטאות מטהרת את המקדש גם ללא וידוי על החטאים, לעומת הכפרה הממוקדת בבני ישראל, שבה נדרש וידוי כדי לכפר על החטאים. במילים אחרות, המקדש מטוהר באמצעות הקורבנות בלבד, בעוד שכפרת האדם מצריכה גם תהליך של חזרה בתשובה כתנאי מקדים לכפרה באמצעות הקורבן!
על אף שאלו פני הדברים במקרא, חז"ל שינו לחלוטין תמונה זו. את הפסוק "וְהִקְרִיב אַהֲרֹן אֶת פַּר הַחַטָּאת אֲשֶׁר לוֹ וְכִפֶּר בַּעֲדוֹ וּבְעַד בֵּיתוֹ" ביארו חז"ל כרגע של וידוי שהכהן הגדול מתוודה על עוונותיו, כאשר הוא סומך ידו על ראש פר החטאת. כיון שהפסוק מופיע כלשונו פעמיים (בפסוק ו ושוב בפסוק יא) ביארו חז"ל שהכהן מתוודה פעמיים – פעם אחת כדי לכפר על עוונות הכהן הגדול ומשפחתו, ופעם שניה כדי להתוודות על חטאי קבוצת כלל הכוהנים. שני וידויים אלו נעשים על פר החטאת, והדבר מעורר דיון תלמודי (יומא נ ע"ב) כיצד פר השייך לכהן אחד יכול לכפר על כהנים אחרים.
אפשר היה להציע שמטרת חידוש זה להעצים את מקום הווידוי בכפרה, וחז"ל סירבו לקבל את האפשרות שקורבנות יטהרו את המשכן רק בצורה טקסית ללא שום לקיחת אחריות בצורה של וידוי. המודל החדש שנוצר הוא שיש כפרה על חטאי הכוהנים באמצעות הפר לאחר שהיה עליו וידוי, ובמקביל כפרה על ישראל באמצעות השעיר לאחר שהיה עליו וידוי. אולם יש קושי בקבלת ההצעה הזו, כיון שגם לאחר החידוש של חז"ל הרי שעיר החטאת, המוקרב בפנים ומטהר את המקדש מטומאות בני ישראל, מוקרב ללא שום וידוי. על כן נראה שמטרת הווידוי איננה להיות תנאי מקדים לכך שהפר יטהר את המקדש, אלא תנאי מקדים לכך שהפר יכפר על הכוהנים עצמם. ומכך עולה שחז"ל מבדילים בין חטאי ישראל המכופרים באמצעות השעיר המשתלח לעזאזל, לבין חטאי הכוהנים המכופרים במקדש עצמו באמצעות הפר.
מהלך זה מעצים את ההבדלה בין שבט הכהונה לשאר ישראל. במישור הפשט החלוקה ביניהם היא בעיקר בהשפעתם על המקדש, אך אין הבדלה בין הכוהנים והעם בכפרה האישית, שנעשית כולה באמצעות השעיר המשתלח. על פי חז"ל, לעומת זאת, פר החטאת של הכהן הגדול הוא בעל תפקיד כפול: בדומה לשעיר החטאת הוא מטהר את הקודש, ולשם כך אין צורך בווידוי, אך בנוסף לתפקיד זה הוא גם מכפר על הכהן עצמו, ולפיכך חכמים מוסיפים לו וידוי.
דומה שהסיבה להבדלת הכהן הגדול משאר העם נעוצה בדרישה לניקיון כפיים רב יותר מהמנהיג הרוחני, דבר הניכר גם בפרשת החטאת בויקרא ד, המייחדת קורבן חטאת אחר לחטאי הכהן המשיח שנעשים "לאשמת העם", כלומר המקרינים על העם כולו. כדי שכהן גדול יקבל כפרה לא די בתפילה חיצונית למקדש, אי שם בהרי עזאזל; כדי לקבל כפרה הוא חייב להיכנס אל הקודש פנימה ולהתפלל שם שחזרתו בתשובה תהיה לרצון. כלל עם ישראל קרוב לתשובה, ודי בפעולות מינוריות יותר כדי שתשובתם תתקבל, אך הכהן הגדול חייב להתאמץ יותר כדי לשוב, ורק לפני ולפנים דינו נחרץ. לאור דברים אלו אפשר להבין טוב יותר את מחלוקת התנאים (שבועות יג ע"א) האם שאר שבט הכהונה מתכפר על ידי הפר של הכהן הגדול, או שמא הם מתכפרים יחד עם שאר ישראל בכפרת השעיר המשתלח.
העצמת הכוהנים דורשת שכפרתם, המלווה בווידוי, תהיה בקודש פנימה ולא כמו שאר ישראל המתכפרים בשליחת חטאיהם אל ארץ גזירה. העצמה זו מציבה רף אחר לכפרת המנהיגות הדתית והאזרחית מאשר כפרת שאר העם. הדרישה של העם ממנהיגיו היא לרמת מוסריות, ערכיות והקפדה רבים יותר מאשר אנו דורשים איש מרעהו ולעיתים אף מעצמנו. חלק מנשיאת העול של ההנהגה היא בניקיון הכפיים הניכר לעין כל, וההבנה שכדי לתקן את המעוות ולהישאר בהנהגה לא די במחווה סמלית, אלא צריך לצעוד לפני ולפנים ולהתחנן למחילה בפני בורא עולם.
